सोयाबीन में बुनियादी और गुणवत्तापूर्ण अनुसंधान करने के लिए राष्ट्रीय सोयाबीन अनुसंधान केंद्र की स्थापना 1987 ई. में की गई और इसे ग्यारहवीं योजना के दौरान निदेशालय में परिवर्तित किया गया । सन् 1987 ई. में, मध्य प्रदेश सरकार ने खंडवा रोड, इंदौर में एन.आर.सी.एस. की स्थापना हेतु भण्डार-गृह तथा पुराने कार्यालय भवन के साथ 56.7 हेक्टेयर का एक खेत भा.कृ.अनु.प. को हस्तांतरित कर दिया । अनुसंधान कार्यों तथा संस्थान भवन के नवीनीकरण के लिए उपयुक्त भूमि विकास के बाद, केंद्र का पूरा सेट फार्म पर रखा गया था । इसके बाद, पूरे सेटअप को अनुसंधान-सह-प्रशासन भवन में स्थानांतरित किया गया, जिसमें विभिन्न विषयों के लिए 16 प्रयोगशालाएँ थे । एन.आर.सी.एस. को सोयाबीन अनुसंधान निदेशालय (DSR) में परिवर्तित किया गया ।